緊迫の三つ巴戦。核の恐怖再び――。

【4話収録】
PHASE-45「開く扉」／PHASE-46「たましいの場所」
PHASE-47「悪夢は再び」／PHASE-48「怒りの日」
　連合とザフトの総力戦が準備される中、Ｌ４宙域に集結したアークエンジェル、クサナギ、そしてエターナルの３艦は、アズラエル率いるドミニオンとラウ率いるクルーゼ隊の攻撃を受ける。三つ巴の激しい戦闘の最中、ラウによってメンデルの遺伝子研究所に誘い込まれたキラとムウ。キラ出生の秘密とは何か？ そこで明かされるムウとラウの関係とは？ そして、ついにラウの野望は最終局面をむかえる。再び核攻撃の準備を始めた連合軍と、それを迎え撃つザフト軍の、最終兵器ジェネシス。二つの殺戮兵器を前に、キラとアスランに、この戦いを止めることができるのか？

製作年度：2002

PHASE-45　脚本：両澤千晶／演出：西山明樹彦／絵コンテ：西澤 晋／作画監督：大貫健一・植田洋一
PHASE-46　脚本：両澤千晶／演出：高田耕一／絵コンテ：久行宏和・とくしまひさし／作画監督：米山浩平・池田 有
PHASE-47　脚本：吉野弘幸・両澤千晶／演出：関田 修／絵コンテ：とくしまひさし／作画監督：佐久間信一
PHASE-48　脚本：吉野弘幸・両澤千晶／演出：谷田部勝義／絵コンテ：とくしまひさし・谷田部勝義／作画監督：山口 晋・阿部邦博

企画：サンライズ／原作：矢立 肇・富野由悠季／監督：福田己津央／シリーズ構成：両澤千晶／キャラクターデザイン：平井久司／チーフメカ作監：重田 智／メカニックデザイン：大河原邦男・山根公利／美術監督：池田繁美／音響監督：浦上靖夫／音楽：佐橋俊彦／プロデューサー：竹田靑滋(毎日放送)・古澤文邦(サンライズ)／製作：毎日放送・サンライズ　他

キラ・ヤマト：保志総一朗／アスラン・ザラ：石田 彰／ラクス・クライン：田中理恵／カガリ・ユラ・アスハ：進藤尚美／マリュー・ラミアス：三石琴乃／ムウ・ラ・フラガ：子安武人／ラウ・ル・クルーゼ：関 俊彦／ナタル・バジルール：桑島法子／ムルタ・アズラエル：檜山修之／クロト・ブエル：結城比呂／オルガ・サブナック：涼平／シャニ・アンドラス：宮本駿一　他